水是一种良好的冷却介质，比较廉价，但经过自来水厂处理后仍然不同程度地含有被溶解固体、气体及各种悬浮物，Ca、Na、Fe等的重碳酸盐和硫酸盐是常见的溶解固体，这些污垢，不仅会使管道和设备受到腐蚀，降低使用年限（据有关资料介绍，经常进行化学清洗和长期进行水处理的中央空调系统的使用寿命可以比不采用水处理的系统使用寿命延长1倍以上，经济效益十分明显），而且对于溴化锂制冷机来说，传热管铜管的结垢，将严重影响机组的性能，降低溴化锂制冷机的制冷量（1mm的污垢可使导热系数下降27%~32%）。风机盘管的结垢，不仅使冷热交换效果明显下降，还会堵塞盘管，增加工程的维修量，因而，水系统的清洗及水质稳定处理相当重要。
每年机组运行后停机进行维修保养，可用工具清洗法，用水枪（或气枪）和一批尼龙刷对传热管的表面进行冲刷。同时，清除管板的铁锈。 每年开机前，对冷却塔进行认真地清洗，清理塔内的污垢及滋生的青苔，对于冷却塔的填料，在不同的使用环境下，随着使用时间的增加，会出现不同程度的老化脆裂，可视实际情况4~6年更换一次。
水系统每2~3年，可请专业清洗公司进行一次化学清洗，进一步清除系统内的锈蚀及粘附在表壁上的污垢，同时使表面金属处于活化状态，随后，在水中投加高浓度的缓蚀阻垢剂，使金属表面迅速生成一种化学保护膜，以阻止介质对设备的侵蚀，从而起到缓蚀阻垢作用，并且使清洗的活化金属表面钝化，为日常处理打下良好的基础。日常处理的工作，应当培训操作人员进行，包括定期加药和简单的分析监测，以维持水中药剂的浓度，保持保护膜的完整性，并起到稳定的缓蚀阻垢作用。